Курсът “Софтуерно програмиране в химията” цели да задълбочи и надгради знанията и уменията на студентите придобити от дисциплините "Бази данни и основи на програмирането" и "Алгоритми и обектно-ориентирано програмиране". Лекциите и упражненията са организирани въз основа на обектно-ориентирания език Java. Java е популярен език за програмиране от високо ниво, който позволява независимост от операционната система, добри мрежови възможности, приятелски настроен графичен интерфейс и достъп до множество разработени Java библиотеки по химична информатика.

В курса са включени множество упражнения, чрез които студентите ще изградят алгоритмичнен начин на мислене и практически умения в химичната информатика. Целта е студентите да могат да структурират и алгоритмизират процеса свързан с решаването на конкретни химични проблеми. В упражненията студентите ще програмират множество изчислителни задачи, алгоритми върху масиви, линейни и разклонени алгоритми, ще задълбочат познанията си по обектно-ориентирано програмиране.